캘빈의 기도론에서 중요한 부분을 차지하고 있는 것은 성령의 역할이다. 

사실상 여기에서부터 그의 기도론이 시작된다. 

그 이유는 성령이 우리의 마음에 역사하여 하나님을 아버지라 부르게 해주고, 우리가 하나님의 자녀인 것을 증거해주기 때문이다. 

성령의 역사가 없이는 기도는 출발부터 불가능하다. 

이런 맥락에서 캘빈은 기도론 첫 장, 1절에서 ‘양자의 영’(롬 8:16​)을 받은 자들만이 하나님을 “아바, 아버지”라고 부를 수 있다고 진술한다. 

이어 캘빈은 기도의 출발이 성령인 것처럼, 기도를 진행하고 도와주시는 분도 우리의 심령에 역사하는 성령인 것을 강조한다. 

‘성령께서 바르게 기도하는 법을 가르쳐 주시지 않는 한’ 우리의 입을 하나님 앞에서 여는 것은 위험하다(III.20.34). 

성령은 우리로 하여금 열정과 간절함을 가지고 기도할 수 있도록 도와주신다. 성령이 우리의 심령을 감동시켜서 하늘의 깊은 곳까지 관통할 수 있을 만큼 열정을 갖게 한다.100) 

그렇지만 “성령의 감화가 있음으로 우리의 기도가 효과적으로 드려질 수 있다 하여 우리 자신의 노력을 성령께서 결코 방해하거나 게을리하지 않는다.” 

우리는 기도할 때 성령을 수종들 수 있게 자신을 훈련시켜야 한다. 

캘빈이 기도론에서 성령의 역할을 이처럼 강조한 이유는 당시의 시대적인 배경을 염두에 둔 듯하다. 

그는 로마 교회의 기도론에서 비성경적인 면을 보았다. 

예를 들면, 신부가 대신해서 죄를 고하는 고해성사나 성자(聖者)의 이름으로 기도하는 등 비성경적인 면을 배격했다. 

그런 상황에서 교회회복과 개인의 경건을 증진시키기 위한 방편으로서 기도를 강조하되 성령의 역할을 강조한 것이다.